市内交通
轨道交通
南京目前有地铁1号线、2号线、3号线、10号线、S1号线（机场线）、S8号线（宁天城际线）、以及数条正在规划建造的地铁。
南北走向的地铁1号线和东西走向的地铁2号线覆盖了南京城区的大部分景点，并在南京繁华的商业圈新街口交会。地铁3号线、10号线都是去长江北岸的过江线。地铁S8号线（宁天城际线）在江北运行。地铁S1号线（机场线）连接了南京禄口机场、南京南站。
公交车
南京市大部分公交车无人售票，部分连接主城和郊区的公交车（特别去江北）仍是人工售票。2014年南京举办了青奥会，当年将大批量的公交车改了名字，主要将带有中文字的公交改成以数字命名的公交。
去往各景点的主要公交：201路（原游1路）、202路（原游2路）、203路（原游3路）、204路（原游4路）、205路（原游5路）、206路（原南栖线）、208路（原南汤线）。
出租车
南京普通出租车起步价9元/3公里，另有2元燃油附加费，3公里以上2.4元/公里，夜间（23:00-次日5:00）为2.7元。早晚高峰期间7:00-9:00和16:00-19:00低速行驶和等候也计费，当行驶速度在12公里/时以下或停驶时，普通出租计时收费2.4元/5分钟。根据出租车型的不同，收费会略有差别。南京出租车叫车电话：025-965188;南京客运管理处电话：025-86655664.
游船/轮渡
南京重要的轮渡码头有中山码头（下关码头）、浦口码头、燕子矶码头、八卦洲码头、通江集轮渡口等，这些码头的怀旧、旅游意义正逐渐大过交通运输作用。
中山码头和浦口码头间的“宁浦线”轮渡就是一条民国风怀旧路线，长江南岸的中山码头，和北岸浦口码头边上的浦口火车站民国风格浓郁，坐船在江上还能看到南京长江大桥。燕子矶码头与八卦洲码头的“燕八线”轮渡，燕子矶码头与通江集轮渡口的“燕通线”轮渡，是避开人流的冷门线路，长江南岸的燕子矶码头就在燕子矶公园旁边，坐船在江上能看到南京长江二桥。
此外，还有棉花堤-旗杆，有恒-红卫等码头之间的轮渡。由于轮渡受天气影响较大，雨天、雾天、雪天可能不发船。